Sobek est le fils de la déesse aquatique Neith et du dieu du Senuy. Son statut de dieu de l’eau et de l’inondation le fait adorer partout dans le delta du Nil, le Fayoum et surtout à Kôm Ombo, son sanctuaire principal, où il a Hathor pour parèdre, bien que la plupart du temps, aucune compagne divine ne lui soit attribuée.
La présence de crocodiles dans le Nil était pour les Égyptiens l’annonce d'une crue favorable aux récoltes : les crocodiles étaient donc des animaux sacrés à cette époque. Maître des eaux, dieu qui irrigue les champs, il est aussi associé à la fertilité.
Vers la Basse époque, les Égyptiens cherchent à gagner ses faveurs afin d’en avoir moins peur en lui offrant des figurines représentant l’animal portant le disque solaire orné du cobra protecteur. Il deviendra rapidement un dieu important dans le panthéon sous la forme syncrétique de Sobek-Rê.
Il est parfois représenté sur la barque solaire en train de terrasser le serpent géant Apophis, personnification du chaos, monstre essayant d'engloutir le Soleil. Ce rôle de protecteur de la barque solaire est aussi attribué à la déesse Sekhmet ou bien encore au dieu Seth.